После печати книг «Апостол» и «Часовник» Иван Фёдоров покинул Москву, забрав с собой шрифты. Он написал о притеснениях со стороны чиновников и священников. английский дипломат Джильс Флетчер, утверждал, что типография была сожжена невежественным духовенством. Сообщение это звучит так: « Будучи сами невеждами во всём, они (русские священники) стараются всеми средствами воспрепятствовать распространению просвещения, как бы опасаясь, чтобы не обнаружилось их собственное невежество и нечестие. (…) Несколько лет тому назад, ещё при покойном царе, привезли из Польши в Москву типографский станок и буквы, и здесь была основана типография с позволения самого царя и к величайшему его удовольствию. Но вскоре дом ночью подожгли, и станок с буквами совершенно сгорел, о чём, как полагают, постаралось духовенство» Сам Иван Фёдоров в послесловии к Львовскому Апостолу 1574 года пишет, что ему в Москве пришлось претерпеть очень сильное и частое озлобление по отношению к себе не от царя, а от государственных начальников, священноначальников и учителей, которые завидовали ему, ненавидели его, обвиняли Ивана во многих ересях и хотели уничтожить Божие дело (то есть книгопечатание). Эти люди и выгнали ивана из его родного Отечества; ивану пришлось переселиться в другую страну, в которой он никогда не был. В этой стране Ивана, как он сам пишет, любезно принял благочестивый король Сигизмунд II Август вместе со своей радою. Иван, в частности, пишет: Сия же убо не туне начахъ повѣдати вамъ, но презѣлнаго ради озлобления, часто случающагося нам не от самого того государя, но от многихъ начальникъ, и священноначалникъ, и учитель, которые на насъ зависти ради многия ереси умышляли, хотячи благое въ зло превратити и Божие дѣло в конецъ погубити, яко же обычай есть злонравных, и ненаученых, и неискусных в разумѣ человекъ, ниже грамотическия хитрости навыкше, ниже духовнаго разума исполнени бывше, но туне и всуе слово зло принесоша. Такова бо есть зависть и ненависть, сама себѣ навѣтующи, не разумѣетъ, како ходитъ и о чемъ утвержается. Сия убо насъ от земля, и отечества, и от рода нашего изгна и въ ины страны незнаемы пресели. Егда же оттуду сѣмо преидохом, и по благодати богоначалнаго Исуса Христа, Господа нашего, хотящаго судити вселеннѣй въ правду, въсприяша насъ любезно благочестивый государь Жикгимонтъ Август, кроль польский и великий князь литовъский, руский, пруский, жемотиский, мазовецкий и иных, съ всѣми паны рады своея. В 1579 году типография Фёдорова вместе с 140 книгами была заложена жиду Израилю Якубовичу за 411 польских золотых. Сын Фёдорова остался во Львове и торговал книгами. Ивана же пригласил к себе Константин Острожский в город Острог, где он напечатал, по поручению князя, знаменитую «Острожскую Библию», первую полную Библию на церковнославянском языке. В 1575 году Иван Фёдоров-Москвитин был назначен управляющим Дерманского монастыря. Иван Фёдоров был разносторонне просвещён — наряду с издательским делом он отливал пушки и изобрёл многоствольную мортиру с взаимозаменяемыми частями. Между 26 февраля и 23 июля 1583 года он совершил поездку в Вену, где демонстрировал своё изобретение при дворе императора Рудольфа II. Определённое время (на протяжении 1583 года) работал в Кракове, Вене и, возможно, Дрездене. Имел тесные связи с просвещёнными людьми Европы. В частности, в Дрезденском архиве найдена переписка Ивана Фёдорова с саксонским курфюрстом Августом (письмо написано 23 июля 1583) По возвращении из трудной поездки 5 (15) декабря 1583 г. Иван Фёдоров скончался в предместье Львова и был похоронен во Львове в Святоонуфриевском монастыре на кладбище.